魔導衆
最初の軍団で、グリフから登場。元々漫画からのキャラクターである。召喚師属性が様々に分かれていて扱うのが難しい。 メトロにも登場し、こちらは主に属性は闇。サブ属性は(黒)。 デッキはバザズーまたは真バザズーという召喚師と魔導衆4人で構成する。
影忍軍
モゴラで最初に登場した軍団。100パワーの専用召喚獣が多い。召喚師カード「コスタ」を妨害する能力を持つ召喚師が多い。また対立関係にあるのか、闇外道を狙い撃ちにした能力のカードが多い。属性は火、森、水。 メトロにも登場し、こちらはパワーを変化させる能力を扱う。属性は火、森、電気。サブ属性は(忍獣)。
闇外道
モゴラから登場した軍団。-100パワーの専用召喚獣が多い。対立関係にあるのか、影忍軍を狙い撃ちにした能力のカードが多い。属性は闇、水、黄金。 メトロにも登場し、属性は闇、水、黄金。サブ属性は(黒)。 デッキは魔神ダークという召喚師と闇外道4人で構成する。
剣人党
コスモから登場した軍団。サブ属性(剣)を場に3体揃える事で、様々な効果を使える。召喚師の属性は主に火。属性は火、森。サブ属性は(剣)。 メトロにも登場し、こちらは手札捨てとカード効力による勝利ポイント獲得能力を扱う。属性は火、大地、電気。サブ属性は(剣)。
音師
コスモに登場する軍団。多くの召喚師が専用の召喚属性をすべてAllにするヘルプカードを持っているのが特徴。また、専用カードとしてSP封じを出されていても出すことが出来る「天の奇跡(封魔の歌)」と、モゴラまでは一般カードだった「チェンジ(属性無視)」を持つ。属性は光、大地、水、森。サブ属性は(音)。 音師ではないが一緒に組める召喚師にコスモ版ブリズバルト・ガーがいる。
星一族
コスモに登場する軍団。宇宙属性の召喚師と召喚獣がそろっている。サブ属性(星)の召喚獣を揃えることで様々な効果を発揮する。専用カードとして悪魔の所業の上位カード「銀河の侵略」を持つ。属性は宇宙、機械、闇。サブ属性は(星)。 星一族ではないが一緒に組める召喚師に、レオ、コスモグレート、ムーン(ビジターズ)がいる。
ビジターズ
コスモから登場した軍団。星一族と同様、宇宙属性の召喚師、召喚獣が揃っている。相手を妨害する効果を持つ召喚師が多い。属性は宇宙、火、闇。サブ属性は(星)。 メトロにも登場し、属性は宇宙、電気。サブ属性は(星)。 ビジターズではないが一緒に組める召喚師にザ・グレイド・ギャラックがいる。
鬼道衆
コスモから登場した軍団。他の軍団の天をガードする能力を持つ召喚師が多い。また、フラッシュコンボでの倍率を上げる召喚師が存在する。対立関係にあるのか、竜使いを狙い撃ちにした能力のカードが多い。専用カードとして悪魔の所業の上位カード「鬼の所業」を持つ。属性は闇、機械。 メトロにも登場し、こちらでもフラッシュコンボでの倍率を上げる召喚師が登場したので闇の単色デッキになる傾向が強い。属性は闇、サブ属性は(黒)。 デッキは兆鬼という召喚師と鬼道衆4人で構成する。
白魔術師
コスモから登場した軍団。サブ属性(白)を操り、手札増強、デッキ補充、復活等を得意とする。(白)召喚獣にはサブ属性(黒)をガードするものが多い。属性は光、貝、大気、水。サブ属性は(白)。 メトロ編にも登場するが、他の軍団と違いメトロのデッキにコスモの白魔術師を入れることは出来ない。能力の特徴はコスモと同様。属性は水。サブ属性は(白)。 他の召喚師とも組める。
黒魔術師
コスモから登場した軍団。サブ属性(黒)を操り、相手の手札、デッキを破壊する事を得意とする。(黒)召喚獣にはサブ属性(白)をガードするものが多い。属性は闇、森、土。サブ属性は(黒)。 メトロ編にも登場するが、他の軍団と違いメトロのデッキにコスモの黒魔術師を入れることは出来ない。能力の特徴はコスモと同様。属性は闇、黄金、電気。サブ属性は(黒)。 他の召喚師とも組める。
竜使い
コスモから登場した軍団。サブ属性(竜)を操る軍団。対立関係にあるのか、鬼道衆を狙い撃ちにした能力のカードが多い。 メトロにも登場し、こちらでは(竜)のカードに召喚師が竜使いの時効力を発揮するカードが多い。 他の召喚師とも組める。
獣使い
コスモから登場した軍団。サブ属性(獣)を操る。相手の召喚獣をガードする能力に長けている。属性は火、森、大地。サブ属性は(獣)。 メトロにも登場し、能力の特徴はコスモと同様。属性は火、森、大地。サブ属性は(獣)。他の召喚師とも組める。
虫使い
コスモから登場した軍団。サブ属性(虫)を操る。属性は森、大地。サブ属性は(虫)。 メトロにも登場し、こちらでは相手の勝利ポイントを削る能力に長けている。属性は森、電気、大地。サブ属性は(虫)。 他の召喚師とも組める。
魚使い
コスモから登場した軍団。サブ属性(魚)を操る。相手の勝利ポイントを削ったり自分の勝利ポイントを増やしたりする召喚師が多い。属性は水、大気、光。サブ属性は(魚)。 メトロにも登場し、こちらは相手のデッキのカードをホールに捨てる能力に長けている。属性は水、電気、光。サブ属性は(魚)。 他の召喚師とも組める。
鳥使い
コスモから登場した軍団。サブ属性(鳥)を操る。属性は大気、光、貝。サブ属性は(鳥)。 メトロにも登場し、こちらは手札に(鳥)召喚獣を復活させる能力に長けている。属性は大気、サブ属性は(鳥)。 他の召喚師とも組める。
パグー使い
コスモに登場する軍団。パグーと名の付く召喚獣を操る。召喚師が少数で単独ではデッキが構成できない。属性は貝と宇宙。 他の召喚師とも組める。
人形使い
コスモに登場する軍団。サブ属性(人形)を操る。召喚獣、召喚師共に少数で単独ではデッキが構成できない。専用召喚獣には100パワー化する能力が多い。属性は機械、森、大地。サブ属性は(人形)。 他の召喚師とも組める。
毒々連
コスモに登場する軍団。サブ属性(毒)を操る。相手の勝利ポイントを減らしていく能力に特化している。属性は闇、土、機械。サブ属性は(毒)。
お道化師
コスモに登場する軍団。サブ属性(笑)を操る。コミカルな召喚獣、召喚師が多く、相手を妨害する事が得意。属性は無属性。サブ属性は(笑)。
ジゴロ
コスモに登場する軍団。サブ属性(女)を操る。召喚師が少数で単独ではデッキが構成できない。属性は闇、火、水。サブ属性は(女)。 他の召喚師とも組める。
貝賊団
モゴラに登場する軍団。全員貝属性の召喚師である。属性は水、闇、貝。デッキはギルギルと貝賊団4人で構成する。
侍五人衆
モゴラに登場する軍団。属性は火、大地。4人しかおらず、最後の1人はコジローである。よってデッキはコジローと侍五人衆4人で構成する。
電導師
メトロ編で登場。電気属性の召喚獣を操る。電気属性の召喚獣はほとんど電導師か電気の召喚師の時に効力がある。専用カードとしてコスモでは音師のものだった「チェンジ(属性無視)」を持つ。属性は貝、大地、電気。
ウエポンズ
メトロに登場する軍団。サブ属性(武器)を操る。ガード等、相手を妨害する能力に長けている。また、天災を再利用するヘルプカードも特徴的。属性は火、機械、闇。サブ属性は武器。
クロノヴァイス
メトロに登場する軍団。時空犯罪者ということで、サブ属性(時)を操る。相手の召喚師の順番を入れ替えたり、使えなくする等、強力な効果を使える。即勝利カードと、ゾーンとホールを入れ替えるカードも特徴的。属性は闇、機械、電気。サブ属性は(時)。 クロノヴァイスではないが一緒に組める召喚師にメトロ版の真バザズー、魔神ダーク、兆鬼がいる。
T・P(タイムパトロール)
メトロに登場する軍団。サブ属性(時)を操る。クロノヴァイスと比べると、相手の妨害よりも相手の効果に対抗する能力に長けている。即勝利カードと、ゾーンとホールを入れ替えるカードも特徴的。属性は電気、貝、光。サブ属性は(時)。 余談だが、召喚師は日本、中国系の名前が多い。 他の召喚師とも組める。
レクス軍団
メトロに登場する軍団。漫画のキャラクター(Ⅱの方のパーティー)と一部のオリジナルキャラで構成されている。属性は火、大地、光、貝。 レクス軍団ではないが一緒に組める召喚師にフー(忍の仮面)、フー(灼熱の仮面)がいる。
貝獣軍団
メトロに登場する軍団。貝属性召喚獣を操る。属性は貝、電気、闇。 貝獣軍団ではないが一緒に組める召喚師にひげ仙人、しわ仙人、バブ、クピクピ、ポヨン、パット、ポーチがいる。
パワーズ
メトロに登場する、日本では最後に追加された軍団のひとつ。自分の場の特定の属性とパワー数値を満たす召喚獣をガード不能にする効果を持つ召喚師の集まり。そのため、ハリケーンコンボを得意とする。属性、サブ属性は特になし。 他の召喚師とも組める。
仮面族
メトロに登場する、日本では最後に追加された軍団のひとつ。サブ属性(仮面)の召喚獣を、特定の場の召喚獣と同じサブ属性に変えるという変わった能力を持つ。また、(仮面)召喚獣はガード能力を持っていることが多い。属性は森、機械。サブ属性は(仮面)。 他の召喚師とも組める。 余談だが、ゲームの大貝獣物語には仮面族の村が存在する。つまりこの軍団が久しぶり且つシリーズ最後となるゲーム出典のカードである。
字獄組
メトロに登場する、日本では最後に追加された軍団のひとつ。パワー数値1-10の召喚獣とサブ属性(数)を操る。「数コンボ」を唯一使用できる召喚師の集まり。召喚師の名前に何かしらの数字が入っているのも特徴。属性は宇宙、水、闇。サブ属性は(数)。
チェンジャーズ
メトロに登場する、日本では最後に追加された軍団のひとつ。自らの属性を変えることができる召喚師の集まりで、それによって特定属性の召喚師の時に効力を持つ召喚獣を使いこなし戦う。よって属性、サブ属性は特になし。 他の召喚師とも組める。
以下は軍団ではないが、テキスト上のかかわりのある集団である。4人以上のものを記載。
ク家
グリフに登場する一族。ク・ポクタ、その息子ク・ケテラ、ケテラの娘ク・ギル、ギルの婿ゴッツの4人。レベル7が2人いるのでデッキに全員は入らない。
ル家
モゴラに登場する一族。 上からル・フォル、フ・マンティー、ル・パッソ、ル・ウィン、ル・フレイラの5人姉妹と、その祖母ル・ペッパ。 レベルがバラけているので5姉妹だけでデッキが組める。
キッド マロン マーブル モーダル メープル ピュア スポア 九月の砂 カトブレ ほわい ワイヤー シャム モード イグサ チカツ レーザー ルイス WEB大葉 ブリッジ ルーマニア ネチケット アイド タランチ キャラメル オフェンス ハラタ ヒット メーザー イヤリング ルバッ なかにい 片道切符 いろんな いばば ねっび ローブ アスク リカレ フライト グアバ ナチガイド トライア ブイヨン シャンビ ゼムクリ スケルツォ ナビハズ ビビッド むぎこうじ マッシュル
シェルドラド4姉妹&グレートノーム
グリフに登場。大貝獣物語出典のグレートノームの4人の娘(といっても老婆だが)であるエベル、ミルミー、マージ、コリコットとグレートノームである。 デッキが組めるようレベルがバラバラだが、そのためにゲームでは賢者扱いの姉妹の幾人かが低いレベルに設定されているのには多少違和感がなくもない。
コスモパトロール
コスモに登場する。ビジターズに対抗した能力が強め。デッキが組める。属性は宇宙、森、大気。
プッペー座
サーカス団。レベル2以下3人とレベル5が1人なのでデッキは組めないが、人形使いやシシムと組み合わせればそれっぽいかもしれない。
レクス軍団?
コスモに登場するレクス軍団のような集団。スターターデッキのひとつでもある。 本物のレクス軍団は漫画「召喚王レクスⅡ」のパーティだが、こちらは無印のパーティーである。